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L'ADN est partout où il y a de la vie. Depuis que les chercheurs ont accès à des méthodes de biologie moléculaire leur permettant de révéler cette molécule, de quantifier les différences (mutations) afin de mieux comprendre le fonctionnement des êtres vivants, la quantité d'information génétique et génomique a crû de façon exponentielle.

Chez Genovalia, nous avons développé une offre de services qui rend possible l'organisation et la structuration des données obtenues par la recherche. Avec le soutien du personnel de la bibliothèque de l'Université Laval, nous pouvons vous accompagner de l'élaboration d'un plan de gestion des données de recherche (PGDR) jusqu'au versement des données dans un dépôt fédéré tel que Borealis ou le Dépôt fédéré des données recherche (DFDR). Nous pouvons aussi créer les schémas de vos jeux de données et les stocker en tant que données actives dans notre explorateur de données (service à venir). Notre expertise couvre aussi la création de bases de données relationnelles accessibles par le web.

Notre mission est de donner une seconde vie aux données obtenues dans le cadre de la recherche (principes FAIR). Dans un premier temps, les données sont générées à travers la démarche scientifique des chercheurs. Une fois les données analysées et les résultats publiés dans un journal scientifique, les données originales sont généralement stockées sur des disques durs et demeurent inaccessibles.

Pour la plupart des données de recherche recueillies jusqu'à maintenant, le cycle de vie pourrait se résumer à cette image:

Les données génomiques sont entreposées dans de grandes banques de données comme le NCBI mais les autres données associées permettant de décrire les échantillons (morphologie, habitat, physiologie, etc) et celles décrivant les données, les métadonnées, ne sont généralement pas publiées.

Notre volonté est donc de rendre ces données trouvables par le plus grand nombre de personnes et d'organismes possible. C'est le "F" des principes FAIR: Facilement trouvable, Accessible, Interopérable, Réutilisable.

Le cycle de vie souhaité pour les données pourrait être le suivant:

Nous utilisons le Semantic Engine développé à l'Université de Guelph pour créer un schéma de données. Ce schéma permet de décrire les attributs de ces données le plus fidèlement possible afin d'éliminer les erreurs. Une sémantique est également utilisée pour relier la description des variables aux ontologies, garantissant ainsi qu’un utilisateur secondaire comprenne précisément la signification des variables.

Parallèlement à cela, nous développons un protocole de saine gouvernance des données fondé sur le respect de la propriété des données qui laisse aux chercheurs le choix de décider avec qui ils veulent bien les partager. Nous avons donc développé un cadre légal avec des ententes signées par les parties pour l'entreposage et la réutilisation des jeux de données.

Afin de décrire les conditions, physique et immatérielle, d'entreposage des données dans le catalogue, nous avons écrit un cadre de gestion.

Le catalogue de jeux de données hébergées par Genovalia est un des services que nous mettons à la disposition du public. Toute personne intéressée peut avoir accès aux données en autant que les propriétaires des données le permettent. En effet, un jeu de données peut être complètement ouvert et téléchargeable ou bien privé, auquel cas seul le schéma de données en montrant la structure peut être visualisé. L'accession aux jeux de données privés est toutefois possible en autant que le propriétaire des données en accorde les droits d'accès. Les deux parties seront par la suite liées par une entente de partage de données selon les conditions définies par le propriétaire.